Pada tahun 1980, al-Faruqi bersama-sama mengasaskan Institut Antarabangsa Pemikiran Islam (IIIT) dengan Taha Jabir Alalwani, Abdul Hamid AbuSulayman, dan Anwar Ibrahim.

Al-Faruqi menyumbang kepada pengajian Islam melalui penulisan yang luas dan penglibatannya dalam organisasi akademik dan antara agama. Beliau menulis lebih daripada 100 artikel dalam jurnal ilmiah dan majalah serta menerbitkan 25 buku, termasuk Christian Ethics: A Historical and Systematic Analysis of Its Dominant Ideas (1968), Islam and the Problem of Israel (1980), dan Al-Tawhid: Its Implications For Thought And Life (1982). Beliau terlibat dalam penubuhan Kumpulan Pengajian Islam dari Akademi Agama Amerika dan berkhidmat sebagai pengerusinya selama sepuluh tahun. Selain itu, beliau memegang jawatan seperti naib presiden Colloquium Keamanan Antara Agama dan presiden Kolej Islam Amerika di Chicago.[35]

Al-Faruqi telah mencadangkan konsep tauhid sebagai prinsip penyatuan dalam pemikiran Islam, menekankan kepentingannya dalam pelbagai aspek kehidupan, termasuk etika, politik, dan pendidikan. Inisiatif "Islamisasi Ilmu" (Islamization of Knowledge) beliau bertujuan mengintegrasikan prinsip-prinsip Islam dengan disiplin akademik kontemporari, mempromosikan integrasi holistik antara iman dan akal.[36] Di IIIT, kerjanya melibatkan penciptaan kerangka kerja untuk epistemologi Islam, termasuk pembangunan kurikulum dan metodologi penyelidikan berdasarkan pemikiran Islam. Inisiatif ini bertujuan menangani cabaran yang ditimbulkan oleh sekularisasi dan terlibat dengan tradisi intelektual Islam.[37]

Menurut Ibrahim Kalin, "Islamisasi ilmu pengetahuan" al-Faruqi terutama menyasarkan kemanusiaan, mengabaikan ilmu pengetahuan saintifik moden, yang membawa kepada fokus sosiologi dalam ilmu pengetahuan Islam dan mengabaikan kesan sekularisasi sains moden.[38]

Al-Faruqi juga terlibat dalam dialog antara agama, mempromosikan pemahaman dan kerjasama bersama antara komuniti agama yang berbeza. Usaha beliau bertujuan memupuk persekitaran global yang damai dan saling menghormati, menonjolkan persamaan antara Islam, Kristian, dan Yahudi.[39]